Việc thảo luận Tổ đại biểu tại kỳ họp này có khác so với các kỳ họp trước, do là kỳ họp bất thường tập trung vào những vấn đề phát sinh thuộc thẩm quyền của HĐND tỉnh theo Nghị quyết số 629/2019/UBTVQH14 ngày 30/01/2019 của Ủy ban Thường vụ Quốc hội về Hướng dẫn một số hoạt động của HĐND, với 5 dự thảo nghị quyết trình kỳ họp liên quan chủ yếu đến lĩnh vực kinh tế - ngân sách, Thường trực HĐND tỉnh đã mời giám đốc các sở, ngành có liên quan cùng tham dự thảo luận. Qua thảo luận, tại 4 tổ đại biểu đã có 24 lượt đại biểu phát biểu tập trung vào các nội dung sau:
Về hiệu lực thi hành của dự thảo nghị quyết UBND tỉnh trình tại kỳ họp này chưa thống nhất (2 dự thảo quy định hiệu lực thi hành kể từ ngày được thông qua và 3 dự thảo quy định hiệu lực thi hành kể từ ngày ký ban hành), pháp luật không quy định cụ thể, để đảm bảo tính thống nhất, đại biểu đề nghị nên quy định hiệu lực thi hành của 5 nghị quyết kể từ ngày được thông qua.
Đa số các đại biểu thống nhất cao đối với dự thảo nghị quyết: Về việc điều chuyển kế hoạch vốn đầu tư công năm 2019 (đợt 1); phân bổ vốn thực hiện Chương trình Hỗ trợ chính sách ngành y tế do Liên minh Châu Âu (EU) viện trợ.
Đối với dự thảo Nghị quyết giao kế hoạch đầu tư vốn nước ngoài (ODA và vốn vay ưu đãi của các nhà tài trợ nước ngoài) nguồn ngân sách trung ương giai đoạn 2016-2020 và năm 2019 từ nguồn dự phòng 10% vốn nước ngoài, có đại biểu đề nghị tại Quyết định số 242/QĐ-UBND ngày 29/01/2016 của UBND tỉnh về phê duyệt báo cáo nghiên cứu khả thi dự án: Xây dựng Trường THPT chuyên tỉnh Ninh Bình chưa có cơ cấu nguồn vốn từ nguồn dự phòng 10% vốn nước ngoài ODA; vì vậy, sau khi thông qua Nghị quyết, UBND tỉnh giao các cơ quan chuyên môn nghiên cứu, đề xuất điều chỉnh dự án xây dựng Trường THPT chuyên tỉnh Ninh Bình vì cơ cấu nguồn vốn có thay đổi; có đại biểu đề nghị bổ sung thêm Nghị định số 120/2018/NĐ-CP ngày 13/9/2018 của Chính phủ  vào phần căn cứ của dự thảo nghị quyết.
`Đại biểu HĐND tỉnh ở Tổ thành phố Ninh Bình và huyện Gia Viễn thảo luận tại Tổ đại biểu
Các đại biểu tập trung thảo luận sâu đối với 2 dự thảo nghị quyết, cụ thể:
Về dự thảo Nghị quyết về việc chấp thuận báo cáo đề xuất chủ trương đầu tư dự án đầu tư xây dựng tuyến đường bộ ven biển, đoạn qua tỉnh Ninh Bình (giai đoạn I): Hầu hết các đại biểu nhất trí với ý kiến thẩm tra của Ban Kinh tế - Ngân sách về việc quy định nội dung cụ thể các nội dung chính của Báo cáo đề xuất chủ trương đầu tư xây dựng tuyến đường bộ ven biển, đoạn qua tỉnh Ninh Bình (giai đoạn I) vào Điều 1 dự thảo Nghị quyết, song còn đại biểu băn khoăn nếu quy định trực tiếp nội dung tại Điều 1 dự thảo nghị quyết sẽ vừa dài, lặp lại và sau này có thay đổi, điều chỉnh sẽ phải báo cáo, xin ý kiến HĐND tỉnh. Ngoài ra, có đại biểu đề nghị bổ sung thêm Luật Xây dựng ngày 18/6/2014 vào phần căn cứ của dự thảo nghị quyết. Có đại biểu cho rằng nguồn vốn ngân sách tỉnh thực hiện dự án 140,45 tỷ đồng lấy từ nguồn đấu giá quyền sử dụng đất hai bên tuyến đường thuộc địa bàn huyện Kim Sơn là chưa cụ thể, nên nêu rõ đoạn nào, có nằm trong quy hoạch, kế hoạch sử dụng đất không; phải có phương án, lộ trình sớm trong điều chỉnh quy hoạch, kế hoạch sử dụng đất; đề nghị bổ sung thêm Luật Xây dựng ngày 18/6/2014 vào phần căn cứ của dự thảo nghị quyết.
Về dự thảo Nghị quyết về việc chấp thuận điều chỉnh dự án đầu tư xây dựng cơ sở hạ tầng khu 50ha mở rộng Khu công nghiệp Gián Khẩu: Các đại biểu thống nhất sửa tên dự thảo Nghị quyết và tên Điều 1 dự thảo Nghị quyết thành“Về việc chấp thuận tăng quy mô, tổng mức đầu tư và nguồn vốn đầu tư trong quyết định chủ trương đầu tư Dự án Xây dựng cơ sở hạ tầng khu 50ha mở rộng Khu công nghiệp Gián Khẩu” và bỏ đoạn “Thực hiện Nghị quyết số 71/2018/QH14 ngày 12/11/2018 của Quốc hội, Văn bản số 725/BKHĐT-KTĐPLT ngày 09/7/2019 của Bộ Kế hoạch và Đầu tư; trên cơ sở nguồn vốn trung ương được thông báo và nguồn vốn ngân sách cấp tỉnh đã thông qua tại Nghị quyết số 38/NQ-HĐNd ngày 12/12/2018 của HĐND tỉnh Ninh Bình” để đảm bảo quy định tại Nghị định số 136/2015/NĐ-CP ngày 31/12/2015 của Chính phủ về hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Đầu tư công và do Nghị quyết số 38/NQ-HĐND ngày 12/12/2018 của HĐND tỉnh về chủ trương đầu tư dự án đầu tư xây dựng tuyến đường bộ ven biển, đoạn qua tỉnh Ninh Bình đã bãi bỏ tại Nghị quyết này.
Các đại biểu bấm nút biểu quyết thông qua dự thảo nghị quyết tại kỳ họp thứ 12, HĐND tỉnh
Trước khi thông qua dự thảo các nghị quyết, Chủ tọa kỳ họp đã biểu quyết các nội dung còn ý kiến khác nhau, đối với dự án tuyến đường bộ ven biển đã được lãnh đạo UBND tỉnh, giám đốc Sở Tài chính, Sở Kế hoạch và Đầu tư giải trình, làm rõ các vấn đề mà đại biểu còn băn khoăn, chưa rõ. Kỳ họp đã thống nhất cao việc thông qua 5 dự thảo nghị quyết UBND tỉnh trình.